El edificio actual se levanta durante los siglos XVI y XVII. Desde 1878 está habitado por frailes agustinos recoletos.
4. Portada barroca
La portada de acceso al monasterio es obra de Pablo de Basave, arquitecto, y de Diego de Lizarraga, escultor, terminada en el cuatrienio 1661-1665. El relieve de san Millán es una imitación simplificada del lienzo del retablo mayor de la iglesia.