El Monasterio de Yuso no es únicamente un monumento histórico. Es también una casa habitada por una comunidad religiosa que mantiene viva una tradición iniciada por San Millán en el siglo VI.
La presencia monástica en este lugar se remonta a la vida eremítica del propio santo. En torno a su ejemplo surgieron sucesivamente una comunidad de discípulos, un cenobio primitivo, un monasterio dúblice visigodo, una comunidad mozárabe y, posteriormente, la gran abadía benedictina que durante más de ocho siglos convirtió San Millán en uno de los monasterios más importantes de Castilla.
Desde 1878, esta misión es continuada por la comunidad de Frailes Agustinos Recoletos, que llegan con la necesidad de preparar misioneros para enviar a Filipinas.
Ellos son custodios del monasterio y herederos de una tradición que ha llegado hasta nuestros días sin romper el vínculo esencial con sus orígenes. Gracias a esta continuidad histórica, San Millán ha conservado a lo largo de los siglos una extraordinaria riqueza religiosa, cultural y documental.
La permanencia de una comunidad monástica viva durante más de quince siglos constituye uno de los valores excepcionales que llevaron a la UNESCO a reconocer los monasterios de Suso y Yuso como Patrimonio Mundial en 1997. Hoy, los Agustinos Recoletos continúan haciendo de San Millán un lugar de oración, acogida, cultura y conservación del patrimonio al servicio de todos.